Yo probaría a desactivar las características artificiales estilo truemotion y tal, de manera que ningún efecto de la tele pueda estar dando problemas. Luego cerciorarse de que la señal es buena.

Con respecto a cómo quedan almacenados los ajustes, siempre suelen ir por fuente de video en primer lugar (hdmi1, tv, etc...), después suelen ir por cada modo de esa fuente de salida y por último hay algunos de esos ajustes que van para todos los modos pero por fuente.