Convertir Blu ray 3d a mkv

Hola a todos, no sé si irá esto aquí, en tal caso ruego al moderador lo mueva a su sitio, he bajado una película blu ray 3d Monster vs aliens que pesa 77,3 GB tengo un televisor samsung 3D y un reproductor blu ray samsung 3d con usb, tanto la tele como el reproductor no leen archivos m2ts por lo que he tenido que pasarla a mkv mediante tsMuxerGUI y mkvmerge GUI y meterla en un disco duro externo conectado al televisor, el problema es que a la hora de reproducirla no se ve en 3D, por lo que pienso que o bién la pelicula no es 3D estereoscópico o he hecho algo mal, me gustaría saber que es lo que hay que hacer para pasar una película blu ray 3D ya extraida, es decir con las carpetas BDMV y CERTIFICATE a MKV y se pueda ver en 3d estereoscópico o side by side, gracias.

Un saludo