MKV y subs

Hola buenas tardes,
Recientemente dispongo de un TV con HD y he comenzado a descargar archivos .mkv. El caso es que tengo un problema con los subtitulos. Yo hace mucho que utilizo el VLC para reproducir pelis y videos pero tengo un problema con los subs, ya que por alguna extraña razón solo veo algunos: osea de cada 5 frases que se dicen solo veo los subs de una (el archivo .srt está bien, ya lo he comprobado con varios diferentes). He estado buscando info por ahí pero no he encontrado que le pase a nadie más....
Con el Media Player 11 veo la peli pero no los subs: curioso porque los .srt si los coge automaticamente para cualquier archivo .avi (siempre que se llame igual claro).
Alguna sugerencia?? alguien más que le pase algo parecido?

Saludos y gracias por adelantado