MÉTODO A) Usando el mkvmerge en una versión reciente (yo tengo la 6.7.0). Esta opción es ideal si además quieres aprovechar para cambiar de orden algún audio, añadir algún subtítulo o lo que sea. O si sólo tienes que remuxear unos pocos archivos.
El procedimiento exacto es:
1) Cargar el mkv a corregir en mkvmerge
2) Menú "multiplexado" / "añadir opciones de línea de comandos"
3) En el desplegable escoger una de las tres opciones problemáticas ("--engage no_cue_duration"
"--engage no_cue_relative_position" y "--clusters-in-meta-seek") y darle al botón "añadir". Hacer así con las tres.
4) Veréis como ya salen en el recuadro de abajo en "opciones de la línea de comandos"
5) Antes de salir del menú marcamos la casilla "guardar por defecto para las nuevas tareas". Así ya aplicará estos cambios para todos los archivos que remuxeemos en el futuro y no habrá que cambiarlo cada vez
6) Si audios, subs y demás está todo a nuestro gusto sólo queda darle al botón de "Iniciar multiplexado" y en unos minutillos tendremos el archivo 100 % compatible y funcional con nuestro Pioneer, capítulos, avance y retroceso rápido incluidos
Como las opciones ya se quedan para el futuro, en lo sucesivo bastará con cargar el mkv y remuxearlo directamente, bien uno a uno o añadiéndolos en la lista de tareas para que los haga todos del tirón.