El proyector como ya te han comentado admite perfectamente l formato arriba/abajo, y tampoco es por que tu cable hdmi pueda ser 1.3, ya que para que te hiciera falta uno 1.4 tendrias que reproducir peliculas full 3d ( como las originales). Las de a/a tienen una resolucion de 1920X540, por lo que no es problema del cable.
Yo tambien he tenido muchos problemas con ese tipo de peliculas y al final llegue a la conclusion de que dependia de la persona que la ripeara y montara, ya qu siempre me fallaban las que bajaba de uploaders no conocidos. Tambien puedes probar a creartelas tu mismo, con un buen pc y practicando un poco los parametros consigues algunas incluso mejores que las que circulan como verdadero 3d.
Un saludo.