Si no puedes crear un rectángulo perfecto con la imagen es porque no lo tienes nivelado o no lo tienes paralelo a la pared que hace de pantalla. No hay más.
El lens shift te servirá para, cómo bien dices, bajar o subir la pantalla o si es el caso, desplazarla a izquierda o derecha. Es útil para, por ejemplo, instalar el proyector un poco más alto por comodidad y dejar la pantalla a la altura conveniente. Decir también que el lens shift no perjudica la imagen. Al menos no tanto cómo el keystone.