VLC es caprichoso con el 3D.
Léete ésta guía que recomienda algunos programas reproductores de vídeo 3D para Windows: mejores-reproductores-video-3d/

Yo en su momento he usado PotPlayer pero no sé si todavía está disponible.

Si pese a todo no funciona, ya veremos de modificar la cabecera de los archivos que es la causante en la mayoría de los casos.