Hola ivan81, solo soy un aficionado que opina con su mejor intención y entendimiento, lo poco que sé lo he aprendido a partir de lo que he ido leyendo en foros como este.
Las Yamaha NS333, a partir de las mediciones y datos objetivos que puedes encontrar por todo el foro, son una de las mejores opciones en altavoces de su tamaño (5").
De las MR1 hay muy poca información. No creo que sean mala elección. Sus hermanas mayores MR2 (tampoco son mucho más grandes) son una de las mejores opciones para 6,5".
Si el tamaño de las cajas es un requerimiento tan fuerte como para que unas Yamaha NS333 resulten grandotas quizás podríamos tirar de monitores de 4". En este caso tendremos menos SPL máximo (volumen, vamos) y menos extensión en graves. Sería interesante saber la distancia al punto de escucha a la que estarían los monitores. En 4" la mejor elección, por todo lo que puede leerse por el foro, son las Magnat 100 (por 70€ la pareja
Magnat Monitor Supreme 100 - Altavoz reflector de graves (2 vías, 89 dB), color negro (1 par): Amazon.es: Electrónica). Si estéticamente no te convencen otra buena opción en 4", aunque con unas mediciones no tan buenas y más caros, serían los Q2010i (sobre 200€
Q ACOUSTICS Q 2010i NEGRO PAR)
En cualquier caso, incluso con unos 4", estás una categoría por encima de un sistema integrado como el NSP40. Estaríamos comparando monitores de dos vías con woofer de 4" con los diminutos altavoces del NSP40: unos todo banda -una única vía- de 2,75".
Del JBL CS68 no tengo referencias, tiene muy buena pinta, desde luego, para mí, mucho mejor que el Yamaha NSP40. EL único problema que le veo es que, por el reducido tamaño de los frontales, estos declaran respuesta en frecuencia a partir de 100 Hz. Desde unos 80 Hz los graves son direccionales (podemos distinguir de dónde provienen). Por otra parte, si las Magnat 100 con un woofer de 4,5" ya van justitas ... el woofer de estos monitores es de 3,5".
Ya montemos unas MR2 de 6,5" o unas Magnat 100 de 4", es interesante, al menos en un futuro, montar subwoofer (lo que no quiere decir que sin él las cajas vayan a sonar mal o no se pueda disfrutar de la música

). El subwoofer nos permite tener un sistema completo, capaz de cubrir todo el espectro audible y, además, descargamos a los monitores del trabajo más duro.
Creo que el AV más económico capaz de ecualizar el subwoofer es el Pioneer 924 (400€
Amazon.es: Pioneer VSX-924-K - Receptor A/V (Escalador a 4K 60p, Airplay/DLNA, Spotify, vTuner, Bluetooth), negro - Electrónica) que incorpora MCACC avanzado. Aparte todo tipo de virguerías, conectividad, HDMI 2.0, etc. tiene otra característica muy interesante: dispone de salidas preout para los canales frontales. Esto nos permitiría, ahora o en un futuro, utilizar cajas activas como, por ejemplo, la JBL LSR305 (260€ la pareja
JBL LSR 305) o los Yamaha HS5 (290€ pareja
YAMAHA HS5 Monitor Estudio). Los monitores activos son, sin duda, la mejor opción atendiendo exclusivamente a calidad de sonido.
Yo empezaría con un 924 y unas Magnat 100, dejando para más adelante un sub de 10" o 12". Si las Magnat 100 se te quedan cortas porque te guste escuchar la música a volúmenes más o menos altos siempre podrás destinarlas a un hipotético segundo equipo (por tamaño son ideales para escritorio), por su bajo coste (70€) creo que merece la pena darles una oportunidad, sobre todo atendiendo a que el tamaño de los monitores parece un requerimiento importante.
Saludos.