La suspensión debes ponerla tal cual estaba originalmente, es decir, si estaba por arriba, por arriba. No debes modificar la geometría original.

En cuanto al centrado, ahora estarán bien centrados, pero la cosa puede cambiar cuando le pongas las nuevas suspensiones si no lo haces con sumo cuidado, pues puedes descentrarlos. Para evitar eso, la recomendación de HDForever de poner "calzos" de cartón alrededor de la bobina.

Por cierto, dónde vas a comprar el kit de suspensiones?

Saludos