Que raro ese config. Según entiendo los canales se llaman por números, este es mi config:

Preamp: 6 dB

Channel: 1
Include: Izquierdo.txt

Channel: 2
Include: Derecho.txt

En los archivos Derecho.txt e Izquierdo.txt están los filtros.

Según yo tu APO está configurado para aplicar una sola ecualización a los canales derecho e izquierdo, y no hay nada para ecualizar cuando trabajes con más de dos canales.

Para ser más claro, creo que tu config está aplicando todos los filtros que tienes a ambos canales, entiendo que las instrucciones Channel: L y Channel: R no tienen significado para APO.

Ahora para ecualizar 5.1 debieras tener un config que incluyera desde Channel:1 a Channel:6