Hola no eres el primero que le pasa eso con diferentes sub, intenta subir algun db al canal del sub en el AVR y bajarle volumen al poteciometro del propio sub, asi equilibras en ambos lados y a bajo volumen le llegara mas señal la cual amplificara menos.
Yo acabo de montar hoy el mio, lo probare haber que tal responde.