Como te ha dicho Kaos, puedes utilizar las 2 eq. Primero calibras el SW por su cuenta con su herramienta.

Luego intentas ajustar manualmente en fase con los principales.

Ahora ya podrías pasar Audyssey por 8 puntos y comparar si te gusta más "direct" o con Audyssey. Es posible que las distancia del sub te lo aleje por la latencia añadida del DSP del sub.

Y añadir 2 subs te dará más SPL y más homogeneidad, no bajará más ni será más preciso.