La distancia no la cambies. YPAO asigna una distancia para el subwoofer no basada en distancia real, sino en retardos, desfases, etc. Al llevar el sub amplificación propia, YPAO intenta ajustar los retardos que modifica la electrónica tocando las distancias. Hay casos en los que, incluso estando a una distancia física de 3m, YPAO aplica una distancia de 1m o incluso menos. Déjalo como lo haya calibrado.
Al estar el subwoofer enfrentado a los frontales, la fase se debe cambiar a 180º. Sin embargo, aunque físicamente en el sub lo tengas en fase 0º, puede que el YPAO te cambie la fase para dejarlo en 180º. Asegurate mirando en el menú que el YPAO haya ajustado la fase en Inverso. Si no, ponlo en 180º en el sub e Inverso en los ajustes de subwoofer.