La limitación de 96/24 estéreo para LPCM proviene de la máxima resolución para la tecnología DVD-Video. Ponlo en 96 si tu receptor es compatible, no notarás diferencia en el "upsampling" para discos con 48kHz. Tu receptor probablemente maneja la salida de 96kHz, lo de perder ecualización y gestión de graves para altos muestreos solo suele aplicar a múlticanal. Y para discos con 96 kHz no perderás calidad por downsampling a 48.