Con Android y USB Player Pro no tienes problema para "recibir la música sin alterar y evitar cualquier tipo de upsampling".

En el caso de Windows y MusicBee, no lo sé, nunca he usado MusicBee. Tienes que asegurarte de que la aplicación hace bypass al mezclador de Windows, y puede tomar control exclusivo de la salida de audio. En Windows todo este tema suele funcionar peor que en Android con el USBPP, mira a ver si hay experiencias de usuario con el MusicBee que confirmen el funcionamiento que esperas.