Hola jogosan, te pueden pasar dos cosas.

1- que en efecto audissey-avr hayan cometido un error al reconocer la fase de los altavoces (no seras el primero...).para solucionarlo puedes hacer 2 cosas:
La mas sencilla es desconectar el ampli de la red electrica al menos 5 minutos y tras conectar volver a pasar audissey. A veces se soluciona.
La otra opcion es resetear el marantz a como te venia de fabrica con lo cual perderias cualquier personalizacion ( puedes apuntartelo para acordarte despues) y volver a pasar audissey. Asi tambien se han solucionado casos..

2- que no haya ningun error. Algunos altavoces tienen la fase invertida a nivel de drivers internamente y audissey te lo identifica y te lo comunica, con lo que eliges la opcion de seguir adelante y ya está.