Para ir avanzando aunque sea poquito.
Level es la rueda de volumen del propio subwoofer. Lo tienes al máximo lo que siempre es una locura de bajos. Empieza por bajarlo a la mitad...
Cut-off es el límite que quieres poner a las frecuencias que "salgan" por el sub. 120hz es lo habitual.
Phase es la "concordancia" con los frontales. De forma muy simplista será 0 si el sub está en línea con los frontales y podría ser 180 si está enfrentado. No siempre es así, pero te da una idea de para qué sirve.

Para ayudarte más se necesita saber qué AVR de yamaha es ese que tienes.

S2