Lo mejor que puedes hacer es pasar la calibración (Audyssey). No tienes que hacer nada en el AVR simplemente conectar el micro y seguir las instrucciones (da igual como tengas los crossovers, las distancias, etc, Audyssey lo va a ignorar).
El sub está bien conectado, la fase en 0, low-pass al máximo (importante) y el gain al pasar la calibración te va a indicar dónde ponerlo.
Después de la calibración comprueba que todos los altavoces estén en Small (si no, cámbialos manualmente), el sub en modo LFE, y LPF para LFE (es un filtro de paso bajo para el sub sólo afecta al canal LFE y como este canal sólo tiene información hasta 120 hz lo dejamos en ese valor).
Los crossovers que te deje el AVR en los altavoces puedes subirlos un poco si quieres pero nunca bajarlos.