Audyssey va a ecualizar al nivel de Referencia o Reference (puede gustarnos o no) y para conseguirlo va a igualar la respuesta de todos los altavoces en el punto de escucha. Dependiendo del tamaño de la sala, la distancia al punto de escucha, la sensibilidad de los altavoces, si éstos están pegados a las paredes, etc, aplicará una ganancia negativa o positiva a cada canal independientemente.

Los ajustes que has hecho me paracen bien al final hay que dejarlo al gusto personal de cada uno. Si notas exceso de graves, baja un poco el nivel del sub y si notas los diálogos flojos, aumenta un poco el canal central. Si ves cine de madrugada prueba el Dynamic Volume en light. Los Blu-Ray sobre todo si seleccionas la pista DTS-HD MA o Dolby True-HD tienen un rango dinámico muy alto, por lo que es normal que exista mucha diferencia entre los sonidos fuertes (explosiones) y débiles (diálogos), es así cómo debe de sonar.

Yo uso JRiver o PotPlayer y saco el sonido en PCM porque ecualizo desde el ordenador (Audyssey desactivado en el AVR). Si lo sacas en PCM decoded es el programa el que decodifica (en el display del AVR aparecería Mult Ch In) y en el otro modo sería el AVR el que decodificaría (aparecería en el display Dolby, DTS, etc). No debería haber ninguna diferencia en cuanto a calidad de sonido (siempre que no utilices ningún procesamiento de sonido extra).
Date cuenta que Dolby Digital y DTS son "Compressed" mientras que DTS-HD MA y Dolby TrueHD son formatos sin pérdida.