Es perféctamente válido subir los crossovers después de pasar la calibración (cada uno tiene que buscar el que le vaya mejor a oído para sus cajas/sala), más aún si es un AVR con Audyssey MultEQ XT, ya que tiene más resolución en los filtros que aplica al sub que en los que aplica a las cajas.

Puedes, si quieres, poner el selector de impedancia en 6 ohmios no hay problema, aunque no es necesario.