Eso es. En el ampli fijas la frecuencia máxima que recibirá el sub, de modo que en tu caso será de 80Hz hacia abajo.
La rueda de corte del sub está más pensada para la conexión mediante cables de altavoz, pero para impedir que afecte a la señal que metas por RCA se coloca en el máximo para que no corte de nuevo. Imagina que la tienes la rueda en 40Hz y le mandas la señal del ampli (cortada a 80Hz). De esa manera estarías volviendo a filtrar y descartando el rango de 40-80Hz. El sub siempre se queda con las frecuencias más bajas.