Pues si tu fuente es un pc lo tienes fácil, con APO y REW, hay un par de guías hechas por Tocinillo y Taboadax con las que aprenderás en una tarde.
Lo malo de que no traiga micro tu avr, es que tendrás que comprar uno aparte para poder medir. La ecualización externa sale cara, además no creo que te sea posible aplicarla ya que tu avr no tiene salidas de previo, ni entradas analógicas por canales. Por tanto lo más viable que veo es que te hagas con un htpc barato(si es que no usas el pc como fuente) y que cumpla para reproducir y ecualizar desde ahí.

Saludos