Como regla general (depende de tu sistema) se aconseja cortar en el AVR a 80 Hz (THX) y configurar altavoces en SMALL (dependiendo del modelo), el canal LFE tiene información más allá de los 80 Hz, creo que hasta los 120 Hz por lo que el crossover/corte de frecuencias del plate amplifier debe ponerse por encima de esta frecuencia o mejor a tope.
Por lo tanto tendrás que configurar el AVR y el Plate amplifiers del subwoofer, posteriormente deberás pasar la calibración automática para que ajuste fases y curva de respuesta.