La salida S / PDIF es digital puede ser optica o analogica.
Lo que puedes pasar por ella es hasta 5.1.
Lo que no entiendo muy bien es si tienes conectado el avr por hdmi para que necesitas S / PDIF.
Prueba con otro programa en el portatil como Kodi haber que pasa.
Hay avr Onkyos afectados por un problema de audio y lo cubre la garantia hasta 2018. No se si es tu caso.