Déjate de misterios, como solo estás sacando sonido estéreo del DVD (esas conexiones blanca y roja), tu Yamaha detecta el estéreo y se configura en Dolby Prologic II (que ya te he dicho que convierte el estéreo a 5.1).

Como los cables blanco y rojo (RCA estéreo partir de ahora) solo llevan señal analógica, cuando los conectas directamente al AVR este no detecta señal PCM estéreo, pues es un formato digital. Si lo hace cuando el sonido llega por el TV, dado que este convierte ese estereo analógico a digital (PCM).

Venga, repetimos, conecta el DVD por su salida de audio digital (será de tipo óptica o coaxial) al una entrada del AVR, activa la salida de audio digital en el DVD (en formato bitstream, raw o passthrough) y ya tendrás el Dolby o el DTS original.

Si tienes dudas pon qué DVD tienes.