Pues si solo es en Pure Direct, posiblemente el tema esté en la manera que el AVR gestiona la señal de audio en ese modo. Dado que el RX-V565 tiene un nuevo firmware, si no lo tienes actualizado podrías planteartelo, igual suena la flauta.

Lo puedes encontrar en la página alemana de Yamaha. Pones rx-v565 y te saldran la opción downloads>firmware, conteniendo un PDF con instrucciones y otro para lo que añade, la asignación variable de entradas. Aunque no habla nada del problema que tienes, igual con el nuevo firmware desaparece.