Revisa si alguna función del menú del Yamaha permite que esa salida HDMI emita en formato bitstream, prueba también activado la función STRAIGHT.

En el caso de que la señal siempre salga en estéreo, procedente de un multicanal, el Yamaha habrá realizado un down-mix a formato PCM estéreo (tu SONY te lo ha de mostrar así), en este caso y como mal menor tendrías la opción de oírla en el SONY como multicanal activando el Dolby Prologic o el DTS-Neo.