Es que dependerá mucho de las películas que le metas. No todos los MKV son iguales.

No sé qué tipo de OS utilizas. Coge un MKV de los que te dan problemas y recodificalo a menos bitrate, y vuelve a probarlo (no sé exactamente cómo se hace, sé que hay programas como MakeMKV y similares).
Seguro que te irá sin problemas.

Con aparatos, mujeres, niños y salud, nunca le hagas caso a nadie