Como ya habrás descubierto, dentro de las opciones de audio del WD TV, puedes poner el audio en estéreo o digital. Por lo que sé, creo que si pones en estéreo, sale de esa manera tanto por hdmi como por toslink. Haz la prueba, aunque no te arregle nada. Por lo menos sirve para ir minimizando el problema. Mira también si tienes el último firmware disponible en su web.
También puede que se vuelva loco si tienes las dos tomas conectadas a la vez (aunque yo lo tengo así).
Gracias por el comentario de mi sala.