Genial la idea de poner burletes y/o gomitas para que no vibren las ventanas y puertas!!!. Quitar una vibración te va a dar mucho mejor sonido, además de que si lo burleteas todo vas a ganar relación señal/ruido al aislar algo los ruidos externos. Yo tengo puerta y ventanas burleteadas y te puedo decir que la diferencia fue abismal en su día (aunque ahora haya que hacer presión para cerrar)
La alfombra no te va a aislar del vecino los graves (que son las frecuencias que más se filtran entre pisos).
No te preocupes por los HDMI en ángulo.
Sobre la posición del sub, lo suyo es que no diste más de 2m de una de la cajas y sobretodo que con micro en punto de escucha te llegue una respuesta lo más equilibrada posible. La colocación en sala de un sub es MUY importante. Siempre que puedas intenta medir en las diferentes posiciones donde puedas colocarlo con micro colocado en punto de escucha. Bajo medidas es mucho más fácil integrar todo el sistema.
Un saludete