Para el yaDIS la carpeta no es para nada importante, excepto si se trata de un BD organizado en carpetas, el resto, mkvs, avis y demás basta con que tengan un nombre adecuado.
Yo las pelis las tengo todas dentro de la carpeta pelis, todas juntas, y los BD de carpetas pues también dentro de esta carpeta con una carpeta con el nombre en mayúsculas.
Para las series si que tengo una una carpeta por serie y una subcarpeta por temporada, pero lo más importante al final es el nombre de cada capítulo que debería ser [nobre_serie]_1x01, donde 1x01 hace referencia a la temporada y el capítulo, es decir en este ejemplo temporada 1 capítulo 1. También se puede utilizar el formato S1E01 correspondiente a Seasson 1, Episode 1.

Reconoce las películas en castellano perfectamente, bueno alguna no, pero son excepciones. Las que no reconozca automáticamente puedes luego desde el propio programa corregirla.

Las sagas se hacen manualmente desde el programa así que da igual como estén organizadas, yo las tengo incluso en diferentes discos pero el yaDIS las presenta como una saga conjunta.

Una vez reconocidas todas las fuentes tendrás que exportar al pen o donde lo pienses almacenar del Dune. Una vez le pongas disco duro interno o externos conectados por usb también tendrás que añadirlos como fuentes para que añada sus contenidos.

Y poco más.

Un saludo.