Yo tengo un Smart D1 y he tenido un disco duro interno de 3TB reconocido sin problemas. Lo formateé con el propio Dune, primero en ext3 y luego en ext2 porque tuve problemas al conectarlo como esclavo al PC.
Teóricamente tanto para los discos de 3TB como para los de 4TB necesitas GPT con lo que no entiendo como puede reconocer uno y otro no.

Al final he acabado sacándolo y colocándolo en una caja conectada por usb a mi NAS, evitando así el ruido de vibración que se apreciaba por las noches.

Un saludo.