Yo he tenido durante bastante tiempo un disco de tres teras formateado en ext 2 en el propio Dune (smart D1) dándome los tres teras, bueno los dos con ocho habituales, y sin ningún problema. Y con firmware del 2014, no los más actualizados. Al final saqué el disco y lo puse en el NAS para evitar algo de ruido que producía el Dune.
Así que debería reconocerlo perfectamente. Eso sí, para evitar problemas formatealo en el propio Dune. Prueba en ext3, ext2 o ntfs, el que mejor te vaya. Si no piensas sacar el disco con ext 3 o 2 será más eficiente pero si lo sacas y lo pones en un ordenador con Windows necesitarás software especial para que te lo reconozca.
Un saludo.