Hombre marzo de 2012 si que queda algo lejos, yo lo actualizaría a la última versión y si te da problemas siempre puedes probar con versiones más antiguas. Yo hasta hace poco estaba con la de Febrero de 2014, pero finalmente me he actualizado a la última una vez arreglado el problema que tenía con las versiones nuevas (el yaDIS no me arrancaba automáticamente).
En cuanto al pen, para que sea system storage es el propio dune el que le tiene que dar formato. Lo de que no te lo detecte no sé a que se debe, debería al menos detectarte la unidad aunque no te diese la posibilidad de de seleccionarla como system storage. Mejor actualiza el firmware primero.
Entiendo que estás utilizando la ranuna interna que tiene debajo de la placa donde se coloca el disco duro. Si no lo vas a poner disco duro está bien que utilices esta ranura, pero si vas a optar por ponerle uno no te la recomiendo ya que se calienta bastante y puede hacer que el pen quede irreconocible. A mi me paso un par de veces que tuve que formatearlo de nuevo y al final opté por utilizar uno externo que no sufre de problemas de ventilación.
Saludos.