El estándar o el que se usa más actualmente en HD es el MKV.
El M2TS creo que es la pista intacta, por lo que te vendrá con múltiples audios y subs, ocupando mucho más, pero no me hagas mucho caso porque no estoy seguro al 100%.
Yo lo paso todo a MKV eligiendo las pistas en VO y Castellano por ejemplo, y un par de subs.... haciéndolo así tienes en el MKV lo esencial sin compresión y sin audios que no escucharás y que te ocuparán sitio en el disco duro.
En el tema de desfase, hoy en día todos los multimedia "modernos" del mercado leen MKV sin despeinarse, con lo que si solamente lo quieres para reproducir Bluray, tienes formato hasta el fin de los tiempos... más adelante quien sabe si sale otro contenedor distinto al MKV con otras ventajas...