Muy buenas,
El 3D no lo he probado nunca porque mi tele no es 3D, pero por lo que he leído, lo aguanta sin problemas.
El Sistema Operativo lo que se hace es pasar todo menos el BOOT (el boot se queda en microSD), a un pendrive USB porque ganas dos cosas (los datos no se corrompen tan fácilmente, y las tasas de lectura/escritura son mucho mas altas en USB que en slot MicroSD). Te recomiendo leas estos dos enlaces atentamente:
Tutorial raspberry openelec
Tutorial raspberry openelec - Página 49
En cuanto a cómo marco el Passthrough ... eso lo tienes en opciones del sistema de openelec, en el apartado audio. Te dejo foto (puede variar según versiones. La foto no es mía, es cogida de internet)
Un Saludo