Hay muy poca diferencia, pero si, el popcorn soporta los dos protocolos. De hecho, lo más eficiente es usarlo como cliente DLNA porque los paquetes van por UDP (sin corrección de errores pero con menos carga para la red) y además solo te traes la pista de audio que necesitas... pero SAMBA/SMB o NTFS es más cómodo para poder organizar las cosas como tú quieras y poder borrar las películas cuando quieras desde el propio popcorn.
Efectivamente, necesitas más potencia si tienes un AppleTV o similar, que practicamente no soporta ningún formato que no sea el suyo nativo y tienes que hacer "transcoding" al vuelo.
Una limitación que puede afectarte es la RAM si vas a usar más servicios, por ejemplo, el cliente de torrents está muy limitado con tan poca memoria y no te va a permitir más de 10 torrents compartidos al mismo tiempo.
Saludos