Para ver el disco duro conectado por USB en la shield se debería de añadir este en plex server en el mismo Shield TV entiendo yo. Luego cuando entres en Plex en el Ordenador seleccionar la fuente que quieras ver, en el caso de la Nvidia Shield seleccionar "Shield Android TV".
Para ver Blurays lo mejor creo yo es usar Kodi. Con este puedes incluso abrir el menu de los Bluray manteniendo el boton del mando remoto de la shield apretado, lo cual te mostrara varias opciones de reproducción.
Sobre lo de que........."El servidor no es lo suficiente potente para convertir este video, prueba a reproducirlo en la calidad original", puedes probar a limitar el ancho de banda del streaming que creo permite hasta 10Mb/s y por debajo.