Seguro porque tienen una tasa de transferencia muy diferente. Has de saber que el USB 2.0 va a una tasa máxima de 480Mbits/s (60Mb/s) mientras que el 3.0 tiene una tasa máxima de 5 Gbits/s (625Mb/s), 10 veces más rápido, pero como es lógico el puerto más lento marca el ritmo de transferencia. Aunque esto es la teoría y hay muchas cosas que pueden interferir en la tasa de transferencia, me parece algo lento... Prueba a realizar una transferencia con un pendrive de 4Gb (si lo tienes y asegúrate de que tipo es) a ver si te tarda lo mismo para ir acotando las posibilidades de posibles errores.