Pues me autocito, por si alguien también tiene el mismo problema de reinicio por calentamiento.
Hasta ahora tenía 2 discos externos usb de 2Tb cada uno. He comprado uno autoalimentado de 4Tb y ya no le pasa (de momento). Creo que la fuente de alimentación no podía con la CPU a tope y además alimentando los 2 discos.