Joe, mira el post que tengo del HTPC... creo que es bastante claro (y excesivamente extenso).
Para pelis en WMP (o integración total en WMC) el CoreAVC + AC3filter + VirtualDub.
la otra opción es MPC-HC + AC3filter en DXVA y enlazado con WMC con MediaBrowser (con una ATI para sacar 23.976.