Yo como usuario tanto de mkv siempre a 1080 ( generalmente bdrip y ocasionalmente bdremux ) y de blu ray original y proyectando en pantalla de 110" no noto apenas diferencias en imagen, y mucho menos si lo que haces es sentarte a disfrutar de la peli y punto sin pararte a mirar con "ojo crítico".
En audio se nota mas porque generalmente la pista en castellano viene en ac3 o como mucho en dts (todavia no me he topado con muchos mkv y audio hd en castellano...). Yo al menos, la diferencia mas significativa es en audio... y poca.