Si pones el corte a 40Hz los frontales quizás no tengan problema, pero el resto de altavoces (central y surround) con toda seguridad no bajan hasta esa frecuencia, por lo tanto las frecuencias que les lleguen y no sean capaces de reproducir se perderán en el limbo.

Por otra parte, lo que comenta josemico es habitualmente lo óptimo:

Por una parte, el subwoofer es especialista en graves, y como tal los reproducirá con mucha más holgura que tus RX6 (mayor SPL). Por supuesto depende del subwoofer que tengas, pero un 12" de 500W como el que tienes es desde luego un buen bicho, y no debiera estar desaprovechado.

Por otra parte la correcta colocación de las unidades de graves en la sala, es fundamental para obtener una buena respuesta. Un subwoofer casi siempre aporta una mayor libertad a la hora de ubicarlo en una sala que las columnas, cuya posición es más o menos obligada. Por lo tanto, si se consigue ubicar el sub en un buen lugar, su respuesta en graves será habitualmente superior a la de las columnas (mejor linealidad).

Y por último, las frecuencias graves son las que demandan más potencia y más obligan a trabajar a los conos (más excursión), por lo tanto cuanto más desahogues a las columnas de ese trabajo podrán dedicarse a la reproducción de otras frecuencias con menos esfuerzo.

Por todo ello, la recomendación habitual es la de definir todos los altavoces como SMALL (aunque sean columnas) y poner el corte a 80Hz.

De todos modos, como comenta Porthos, lo suyo es probar todas las opciones posibles y quedarte con la que más te guste.

Saludos.