Los archivos FLAC no tienen pérdida de información, por lo tanto son exactamente iguales al original en CD. Los puedes comprimir más o menos a la hora de generarlos, pero solo influye en su tamaño de almacenamiento y rapidez de decodificación, pues al procesarlos se descomprimen y la calidad en todos es la misma. Otra cosa es la fuente de donde provengan, si la grabación de partida del CD es mala evidentemente el FLAC será malo (que los hay). Si notas diferencias entre un CD original y sus correspondientes FLAC, me temo que el problema está o bien en el decodificador o bien en el DAC.