Como punto de partida, puedes poner lo siguiente una vez hayas pasado el micro Audyssey 2EQ®:

En el subwoofer pon la rueda del crossover al máximo (posición AV).
En el Onkyo configura todos los altavoces en small y córtalos a 80hz. y el subwoofer en el AVR déjalo en 120hz

Saludos