En el AVR elige Stereo o Pure Direct en el formato de audio.

Revisa la polaridad de las conexiones de los altavoces con el AVR.

¿Qué lector has puesto? ¿Cómo y donde lo has conectado al AVR?

Si estas acostumbrado a un sonido ecualizado, es explicable que notes la diferencia, la comparación la deberías hacer o con tu Yamaha sin ecualizador o añadiendo el ecualizador al AVR. Para ello puedes usar también su entrada de Tape (u otra) para conectar la salida del equalizador.