El botoncito de fase lo usarías en el caso de que las frecuencias que salen por las cajas anulasen las del sub, imagina unas graficas de un seno y un coseno, si las sumas se anulan, lo mismo puede ocurrir con frecuencias que estén presentes a la vez en los frontales y el sub. lo que hace esa función es desplazar en el sub para que un seno se convierta en coseno o viceversa. Lo explico con ejemplos de senos y cosenos porque para mi es la forma más clara de verlo.

En cuanto a la forma de conectarlo, ¿El sub es activo o pasivo?, si el manual del amplificador te indica que es una sola conexión es que es la salida pre-out, es decir sin amplificar, y por tanto si el sub es pasivo no podrás conectarlo ( a menos que metas una etapa), si es activo pues un conector RCA desde el ampli a cualquiera de los dos RCA que tendrá el sub.

Saludos...