Vamos a ver :
Tanto la señal dolby digital como dts pueden ser 5.1 o 6.1 (en este último caso en dolby el sexto canal va matriciado en los 2 traseros y en el dts eso puede ser así (matrix) o independiente (discreto) . Si el ampli interpreta la señal "pura" sacará sólo los canales que le entren pero si le dices que en cualquier caso la convierta en 6.1 lo hará así .

Tienes para ello que tener conectado el ampli al lectro por vía digital . Y al lector le debes de decir que saque la señal tal cual es . Porque si el lector lo tienes configurado para que haga el downmix a 2 canales, aunque entre la señal en digital como entra en dos canales lo más probable es que automáticamente al detectar la presencia de canales matriciales los someta al procesamiento porlogic II o dts .

Por tanto :
1.- Verifica las cnexiones
2.- Verifica que el lector está correctamente configurado
3.- Verifica que el ampli procesa automáticamente lo que le entra.

Y eso de que tienes conectado el cd al dvd, explícalo un poco, que me parece que te estás liando .