Posiblemente la circuitería que trata la señal s-video en tu TV sea mejor que la que trata la señal RGB. La opinión general es que la calidad de video de menor a mayor es video compuesto, S-Video y RGB, pero, por supuesto si tu consigues mejor calidad con s-video es la que debes usar. Mi experiencia es la contraria, con todos los lectores que he tenido.
Al leer tu mensaje me ha picado la curiosidad y he vuelto a conectar por s-video y, en mi caso, la calidad en RGB es mucho mayor, imagen más definida, colores mas vivos... (en un Marantz dv-4300), ya sabes, cada caso es un mundo y en esto sólo sirve probar, probar y probar.

En cuanto a lo de pasarlo por el amplificador, si tienes más fuentes es muy útil para poder tenerlas todas a la vez sin tener que andar cambiando cables, si sólo es para el DVD solo puedo darte un consejo, prueba cual de las dos formas te satisface más, en mi caso no logré encontrar diferencia entre pasarlo o no por el amplificador( en mi caso un Denon 1802).

Un saludo y ya nos dirás como queda la cosa...