Buenas;
Pues llevo dos horas cambiando, poniendo y quitando cables y sigo teniendo el mismo problema del principio. Ahora estoy un pelin mosqueado y lo he dejado para seguir probando mañana mas tranquilo.
De todas formas aqui os dejo todas mis conexiones y las configuraciones que tengo. Las opciones que estan en mayusculas son las que tengo seleccionadas:

TV : Scart 1 (rgb) al Dvd (Pioneer 470) - Scart 2 a deco D+
2 salidas Rca (audio) a amplificador (yamaha rx-v457)
DVD : Scart 1 a TV - Cable Optico al amplificador
Deco D+ : Scart 2 al TV - 2 Rca (audio) al amplificador
Y luego dentro del Dvd en opciones de audio tengo lo siguiente:
Salida digital : ENCENDIDO
Salida dolby digital : DOLBY DIGITAL o dolby digital > pcm
Salida dts: DTS o dts > pcm
Salida Pcm lineal: DOWNSAMP ACT o downsamp desact
Mpeg : mpeg o MPEG > PCM
(esta opcion la tengo asi porque sino los divx no los oigo)
Dts Downmix : ESTEREO o izdo/dcho

Y eso es todo, asi que no me explico como no puedo solucionar esta tonteria.
En fin, gracias y saludos.